Potensi sektor perikanan merupakan sektor yang menjanjikan di kawasan Danau Toba. Selama ini sektor perikanan telah diusahai oleh masyarakat di tepi Danau Toba namun masih bersifat tradisional. Investor Asing yang menanamkan modalnya disektor perikanan yaitu PT. Aqua Farm di Desa Parmonangan.
Dalam rencana tata ruang wilayah Kabupaten Samosir, zona yang ditetapkan sebagai kawasan perikanan 1 % dari total luas perairan Kabupaten Samosir atau sekitar 6,26 km2, dengan prioritas pengembangan di Kecamatan Harian dan Siajur Mula-mula seluas 13.209 ha. Potensi sektor perikanan di Kabupaten Samosir tergambarkan sebagai berikut :
| No | Jenis
Usaha |
Jenis Komoditi Ikan | Produksi
(Ton) |
Lokasi Budidaya |
| 1. | Kolam | Nila | 168,35 |
Daratan Kabupaten Samosir |
| Mas | 22,06 | |||
| Lele | 29,75 | |||
| 2. | Kerambah | Nila | 2.696,70 |
Perairan Danau Toba |
| Mas | 57,92 | |||
| Lele | 3,51 |
Sumber : Dinas Pertanian, Perikanan dan Peternakan Kabupaten Samosir