Jumlah usaha perdagangan yang memiliki ijin usaha perdagangan (SIUP) di Kabupaten Samosir adalah Usaha Kecil sebanyak 278, dan Usaha Menengah sebanyak 28. Sedangkan usaha berbadan hukum yang melakukan Tanda Daftar Perusahaan (TDP) berjumlah 256 perusahaan/usaha yaitu : Perseroan Terbatas sebanyak 3, CV sebanyak 179, Koperasi sebanyak 2 dan Usaha Perseorangan sebanyak 72.
Untuk mendukung usaha perdagangan masyarakat tersedia pasar-pasar tradisional yang tersebar di beberapa kecamatan, serta beberapa pasar penunjang tersebar di desa-desa. Pekan/pasar Tradisional sebanyak 10 dan 12 pekan lokal dengan 2.516 Wajib Retribusi (WR), 187 WR menempati kios yang tersebar di 3 pekan yaitu di Kecamatan Pangururan, Kecamatan Nainggolan, dan Kecamatan Simanindo dengan rincian 543 WR menempati Balairung, 1786 WR PKL di dalam dan sekitar pasar.
Dalam rangka mendukung pembangunan di Samosir perusahaan/lembaga keuangan yang ada di Kabupaten Samosir, Bank Pemerintah sebanyak 1 unit, Bank Swasta sebanyak 2 unit, dan Bank Daerah sebanyak 1 unit, serta Bank Perkreditan Rakyat sebanyak 1 unit.
- Data Perdagangan Kecil/Menengah/Besar
| NO. |
Jenis Usaha Perdagangan |
Jumlah Unit Usaha |
Skala Usaha K/M/B |
| 1. | Apotik |
2 |
Menengah |
| 2. | Balai Pengobatan |
1 |
Menengah |
| 3. | Bengkel |
2 |
Kecil |
| 4. | Rumah Bersalin |
1 |
Menengah |
| 5. | Praktik Dokter Gigi |
1 |
Kecil |
| 6. | Pijak Refleksi |
1 |
Kecil |
| 7. | Toko Obat |
1 |
Menengah |
| 8. | Salon |
2 |
Kecil |
| 9. | Toko Roti |
3 |
Kecil |
| 10. | Jasa Kontraktor, Leveransir |
269 |
Kecil |
| 11. | Jasa Kontraktor, Leveransir |
22 |
Menengah |